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    <title>102-02 分子、遺伝、オミクス、単一細胞、計算的方法</title>
    <ownerName>Integrated Medical Foundations</ownerName>
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    <outline text="分子、遺伝、オミクス、計算的方法">
      <outline text="原検体と表現の区別">
        <outline text="抽出、増幅、標識、フィルタリングが変換">
          <outline text="各変換が材料を失いまたは濃縮"/>
          <outline text="対照は全連鎖を追う"/>
        </outline>
        <outline text="抽出は細胞破壊、分解酵素不活化、回収">
          <outline text="収量、純度比、完全性は別物"/>
          <outline text="RNAは虚血や取扱中に量が変わる"/>
          <outline text="ブランクは汚染、添加分子は回収を監視"/>
          <outline text="キットの系統差が生物差に見える"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="PCRと定量">
        <outline text="変性、プライマー結合、伸長の反復"/>
        <outline text="終点PCRは試薬飽和後に定量性が低い"/>
        <outline text="定量PCRは閾値通過サイクルを使う">
          <outline text="効率とベースライン処理の妥当性が前提"/>
        </outline>
        <outline text="逆転写は酵素効率とプライミングで変動"/>
        <outline text="参照遺伝子は実験下で安定が必要"/>
        <outline text="デジタルPCRは陽性分割の割合を使う">
          <outline text="確率モデルで分子数を推定"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="配列決定">
        <outline text="合成時解読法はクローン増幅鋳型で読む"/>
        <outline text="短いリードは高精度だが反復で曖昧"/>
        <outline text="長いリードは構造変異とアイソフォームをまたぐ"/>
        <outline text="カバレッジは低頻度変異検出を改善">
          <outline text="系統的配置・増幅バイアスは直せない"/>
        </outline>
        <outline text="ライブラリ調製から注釈までの工程">
          <outline text="索引誤割当でリードが標本間移動"/>
          <outline text="重複リードは増幅を反映し得る"/>
          <outline text="参照バイアスで新規配列を逃す"/>
          <outline text="影響が大きければ直交法で確認"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="変異の検出と関連研究">
        <outline text="Sanger法は小領域と確認に有用">
          <outline text="合意信号は低頻度変異を逃す"/>
        </outline>
        <outline text="染色体分析は分裂細胞の大きな異常"/>
        <outline text="蛍光インサイチューハイブリダイゼーション">
          <outline text="細胞や組織の選択部位"/>
        </outline>
        <outline text="コピー数法は均衡再構成を示しにくい"/>
        <outline text="変異型と問いで方法を選ぶ"/>
        <outline text="全ゲノム関連研究は一般変異を検定">
          <outline text="連鎖不平衡でマーカーは目印かもしれない"/>
          <outline text="集団構造、血縁、多重検定を制御"/>
          <outline text="微細マッピングで絞り機能実験で検証"/>
        </outline>
        <outline text="多遺伝子得点は過少代表集団で低下"/>
      </outline>
      <outline text="ゲノム編集">
        <outline text="ガイドが切断を指示">
          <outline text="修復は小挿入・欠失か供給鋳型組込み"/>
        </outline>
        <outline text="塩基・プライム編集は二本鎖切断なし"/>
        <outline text="標的外、モザイク、大再構成、p53選択を測る"/>
        <outline text="救済実験や独立ガイドで標的機能を確認"/>
      </outline>
      <outline text="転写物、蛋白、代謝物">
        <outline text="計数は転写物長、深度、配置に依存"/>
        <outline text="バルクの変化は細胞内変化か混合比変化か"/>
        <outline text="転写物量は蛋白量や活性と直結しない">
          <outline text="翻訳、分解、リン酸化などが介在"/>
        </outline>
        <outline text="プロテオーム法はペプチドへ消化し質量分析">
          <outline text="アイソフォームには識別ペプチドが必要"/>
        </outline>
        <outline text="代謝物は食事、日内相、取扱で急変">
          <outline text="非標的法では多くが未同定"/>
          <outline text="正確質量、保持、断片化、真正標準で同定"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="エピゲノムと単一細胞">
        <outline text="亜硫酸法は化学変換で修飾シトシンを区別"/>
        <outline text="クロマチン免疫沈降は抗体特異性に依存"/>
        <outline text="接近性測定は開いたクロマチンへ入る酵素"/>
        <outline text="単一細胞はバーコードで疎に標本化">
          <outline text="捕捉、解離、生存性が出現細胞を偏らせる"/>
          <outline text="周囲RNA、二重体、ドロップアウト"/>
          <outline text="クラスターは解析選択由来で検証が必要"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="空間的方法とマルチオミクス">
        <outline text="空間的方法は位置を保つ">
          <outline text="分解能、感度、区画化が交換関係"/>
          <outline text="デコンボリューションは参照とモデル依存"/>
          <outline text="空間近接は通信の証明でない"/>
        </outline>
        <outline text="マルチオミクスは次元と欠測を増やす">
          <outline text="相関特徴で多くの同等モデルが適合"/>
        </outline>
        <outline text="経路濃縮は仮説生成">
          <outline text="同データで選び検定すると循環解析"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="バッチ効果と計算パイプライン">
        <outline text="採取日、ロット、装置、操作者の系統差"/>
        <outline text="疾患群と重なるバッチは補正できない"/>
        <outline text="無作為配置と橋渡し対照で予防"/>
        <outline text="補正は真の生物を除き類似を作り得る"/>
        <outline text="パイプラインは測定装置の一部">
          <outline text="版、参照ゲノム、乱数種が出力を変える"/>
        </outline>
        <outline text="品質閾値を事前規定し原入力から再構築"/>
      </outline>
      <outline text="データから因果推論へ">
        <outline text="ボトルネックは因果解釈へ移る"/>
        <outline text="分子署名は機序なしに分類し得る"/>
        <outline text="濃縮経路は細胞組成やストレスを反映"/>
        <outline text="発見、検証、局在、摂動、表現型への結合"/>
        <outline text="オミクスは対照と反復の必要を廃止しない"/>
      </outline>
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