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    <title>095-01 定着、解剖学的ニッチ、群集形成、宿主・マイクロバイオーム生態学</title>
    <ownerName>Integrated Medical Foundations</ownerName>
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    <outline text="定着、ニッチ、宿主生態">
      <outline text="定義と文脈依存性">
        <outline text="マイクロバイオームは群集と遺伝子と産物"/>
        <outline text="微生物叢は生物自体"/>
        <outline text="常在菌は本来の場所では無害か有益"/>
        <outline text="文脈が変われば同じ菌が疾患">
          <outline text="バリア破壊"/>
          <outline text="免疫変化"/>
          <outline text="無菌区画への移動"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="部位ごとの微生物量と構成">
        <outline text="皮膚は冷涼、乾燥、酸性、好気性"/>
        <outline text="口腔は歯と粘膜に濃密バイオフィルム"/>
        <outline text="胃は酸性下で低微生物量"/>
        <outline text="結腸は巨大な嫌気性群集"/>
        <outline text="健康な下気道は低量で動的"/>
      </outline>
      <outline text="ニッチ条件と生息地構築">
        <outline text="酸素、pH、温度、塩分、水、栄養、胆汁"/>
        <outline text="微生物は酸素を消費しpHを変える">
          <outline text="群集が生息地の一部を構築"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="初期定着、遷移、低微生物量の注意">
        <outline text="出生前後に始まり一度の出来事でない"/>
        <outline text="分娩様式、在胎週数、栄養、抗菌薬"/>
        <outline text="母体微生物は唯一の供給源でない"/>
        <outline text="初期は不安定、数年で部位特異的"/>
        <outline text="胎盤マイクロバイオーム説には論争"/>
        <outline text="低量標本は試薬・環境汚染を受ける"/>
        <outline text="DNA検出は生きた定着を証明しない"/>
        <outline text="陰性対照、培養、顕微鏡、局在、妥当性"/>
      </outline>
      <outline text="群集形成と多様性指標">
        <outline text="分散が生物を導入"/>
        <outline text="選択がニッチに合う形質を優遇"/>
        <outline text="浮動が低頻度集団を無作為に変える"/>
        <outline text="突然変異と遺伝子伝播が変異を生む"/>
        <outline text="優先効果で初期定着者が後続を変える"/>
        <outline text="異なる分類群が重なる機能を果たす"/>
        <outline text="アルファ多様性は豊富さと均等性"/>
        <outline text="ベータ多様性は標本間の差"/>
        <outline text="高多様性が常に健康とは限らない">
          <outline text="膣は乳酸桿菌優位の低多様性が健康的"/>
        </outline>
        <outline text="指標と読取り深度が結論を変える"/>
      </outline>
      <outline text="空間構造と定着抵抗性">
        <outline text="粘液が管腔群集を上皮から隔てる">
          <outline text="内側粘液は細菌侵入に抵抗"/>
        </outline>
        <outline text="分泌IgAは炎症なしに排除・保持・選別"/>
        <outline text="ペプチド、酸素消費、免疫細胞が構造維持">
          <outline text="隔離喪失は新病原体なしでも炎症"/>
        </outline>
        <outline text="定着抵抗性が侵入生物を制限">
          <outline text="栄養競争と付着部位占有"/>
          <outline text="バクテリオシン、酸性代謝物、胆汁酸変換"/>
          <outline text="抗菌薬でディフィシルや耐性菌が増殖"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="関係性、パソビオント、解釈">
        <outline text="片利・相利・寄生は文脈で変わる"/>
        <outline text="黄色ブドウ球菌は鼻定着から侵襲性へ"/>
        <outline text="病原性は固定的性質でなく相互作用"/>
        <outline text="パソビオントは条件変化で疾患へ寄与"/>
        <outline text="日和見感染は防御異常を要する"/>
        <outline text="非無菌部位の培養陽性は保菌かも"/>
      </outline>
      <outline text="部位別生態：口腔、皮膚、膣">
        <outline text="歯垢はペリクル、初期付着、共凝集">
          <outline text="頻回の糖が耐酸性・脱灰群集を選ぶ"/>
        </outline>
        <outline text="歯周病は異常バイオフィルムと組織破壊"/>
        <outline text="皮膚は脂性、湿潤、乾燥、毛包で異なる">
          <outline text="アトピーはバリア、2型、ブドウ球菌"/>
        </outline>
        <outline text="膣生態はエストロゲン、グリコーゲン、乳酸">
          <outline text="細菌性膣症は多菌種で代謝物変化"/>
          <outline text="正常な多様性を疾患としない"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="宿主にとっての微生物機能">
        <outline text="短鎖脂肪酸、ガス、菌体への発酵"/>
        <outline text="胆汁酸、アミノ酸、ポリフェノール、薬物変換"/>
        <outline text="機能は基質と株で異なる"/>
        <outline text="免疫発生：無菌動物の外挿は慎重に"/>
        <outline text="腸脳伝達は迷走、免疫、内分泌、トリプトファン">
          <outline text="ヒトでの因果証拠は限定的"/>
        </outline>
        <outline text="ウイロームのファージは競争を変える"/>
      </outline>
      <outline text="バイオフィルム、曝露、レジリエンス">
        <outline text="バイオフィルムは基質内の付着群集">
          <outline text="耐容は遺伝性耐性と異なる"/>
        </outline>
        <outline text="食事は活動を急速、構成を緩徐に変える">
          <outline text="食物繊維は糖質発酵を支える"/>
        </outline>
        <outline text="抗菌薬以外の薬も微生物叢を変える">
          <outline text="微生物が薬を活性化・不活化"/>
        </outline>
        <outline text="加齢と疾患が食事、通過、免疫、薬を変える">
          <outline text="シグネチャーは原因にも結果にもなる"/>
        </outline>
        <outline text="レジリエンスは機能回復、抵抗性は不変性">
          <outline text="分類が戻らずとも機能は戻り得る"/>
          <outline text="反復する撹乱が別の安定状態へ押す"/>
          <outline text="治療後一標本では回復を証明できない"/>
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        <outline text="健康とは適合的で回復力ある構成"/>
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