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    <title>092-03 細胞遺伝学、配列解析、ゲノム手法、変異解釈、臨床的限界</title>
    <ownerName>Integrated Medical Foundations</ownerName>
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    <outline text="ゲノム手法、変異解釈、臨床的限界">
      <outline text="検査の選択">
        <outline text="ゲノム検査は一つの技術でない"/>
        <outline text="各手法に見えない領域がある"/>
        <outline text="表現型と推定機序から選ぶ"/>
        <outline text="品質、頻度、機能、文脈を統合"/>
      </outline>
      <outline text="細胞遺伝学的手法">
        <outline text="核型は異数性と大構造再構成">
          <outline text="均衡転座・逆位を検出"/>
          <outline text="小コピー変化や塩基変異は見えない"/>
          <outline text="培養で一部細胞集団が失われる"/>
        </outline>
        <outline text="FISHは標識プローブで特定領域">
          <outline text="ブレークアパートは分断、融合は隣接化"/>
          <outline text="正常でも他の異常は除外できない"/>
        </outline>
        <outline text="マイクロアレイは全ゲノムのコピー数">
          <outline text="顕微鏡以下の欠失・重複"/>
          <outline text="長いホモ接合領域"/>
          <outline text="均衡再構成、反復伸長、小変異は不可"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="アレイとPCR">
        <outline text="一塩基多型アレイは既定マーカーを測る">
          <outline text="インピュテーションは連鎖不平衡と祖先依存"/>
          <outline text="希少・構造変異の予測は不正確"/>
        </outline>
        <outline text="PCRは選択領域を増幅">
          <outline text="定量、逆転写、デジタルPCR"/>
          <outline text="アレル脱落、汚染、結合部位下の変異"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="配列解析技術">
        <outline text="サンガー法は標的断片を高精度に読む">
          <outline text="変異確認と家族内既知部位"/>
          <outline text="コピー数変化、低比率モザイクを見逃す"/>
        </outline>
        <outline text="短鎖リード法は数百万分子を読む">
          <outline text="パネル、エクソーム、全ゲノム"/>
          <outline text="整列、コール、絞込み、注釈、確認"/>
        </outline>
        <outline text="カバレッジは均一でない">
          <outline text="反復、偽遺伝子、高GCは難しい"/>
          <outline text="平均深度は全塩基被覆を保証しない"/>
          <outline text="難しい所見は別法で確認"/>
        </outline>
        <outline text="短鎖は位相決定と長反復に弱い"/>
        <outline text="長鎖は大構造、反復、ハプロタイプ"/>
        <outline text="単独で全てを網羅する装置はない"/>
      </outline>
      <outline text="RNAとメチル化">
        <outline text="RNA配列解析は発現、スプライシング、融合">
          <outline text="採取組織の発現と安定性に依存"/>
          <outline text="ナンセンス変異依存分解が異常RNAを消す"/>
          <outline text="DNA解析を補うが置換しない"/>
        </outline>
        <outline text="メチル化はインプリンティング、エピシグネチャー">
          <outline text="亜硫酸処理は間接識別でDNA損傷"/>
          <outline text="組織、年齢、細胞構成で異なる"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="命名と分類">
        <outline text="参照、座標、配列、蛋白変化を明記">
          <outline text="転写産物でエクソン番号や効果が異なる"/>
        </outline>
        <outline text="生殖細胞系列変異の五分類">
          <outline text="疾患関連の証拠で発症の確実性でない"/>
        </outline>
        <outline text="機能喪失予測は疾患機序の確立が前提">
          <outline text="末端近くの終止、エクソン除外、読み枠保持"/>
          <outline text="遺伝子が半量不全に耐える"/>
        </outline>
        <outline text="ミスセンス予測は補助証拠"/>
        <outline text="共分離は証拠を強める">
          <outline text="無症状者は関連を弱めるが否定しない"/>
        </outline>
        <outline text="母性・父性確認済みの新生変異は強い"/>
      </outline>
      <outline text="不確実な結果と体細胞検査">
        <outline text="意義不明変異で不可逆な判断をしない">
          <outline text="証拠の追加で再分類され得る"/>
          <outline text="患者には再検討計画が必要"/>
        </outline>
        <outline text="陰性でも遺伝病を除外しない"/>
        <outline text="変異アレル比率は腫瘍純度やクローン性"/>
        <outline text="腫瘍変異が生殖細胞系列素因を示す"/>
        <outline text="クローン性造血が所見を模倣"/>
      </outline>
      <outline text="生殖・集団検査">
        <outline text="無細胞DNAはスクリーニングで診断でない">
          <outline text="胎盤モザイク、消失双胎、胎児分画低値"/>
          <outline text="陽性的中率は事前確率に依存"/>
        </outline>
        <outline text="新生児スクリーニングは治療可能疾患">
          <outline text="陽性なら確認を要する"/>
        </outline>
        <outline text="着床前検査は栄養外胚葉細胞を採取">
          <outline text="絶対保証ではない"/>
        </outline>
      </outline>
      <outline text="妥当性、公平性、反復的解釈">
        <outline text="二次的所見は親族にも影響"/>
        <outline text="分析的・臨床的妥当性と有用性は別"/>
        <outline text="過少代表集団で意義不明結果が増える"/>
        <outline text="人種を遺伝型の近道にしない"/>
        <outline text="陰性は現在の検査と知識の情報"/>
      </outline>
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