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module: 102-02
language: ja
chapter: 102
title: "実験生物医学的方法、測定、オミクス、再現性"
module_title: "分子、遺伝、オミクス、単一細胞、計算的方法"
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# 分子、遺伝、オミクス、計算的方法

## 原検体と表現の区別
### 抽出、増幅、標識、フィルタリングが変換
#### 各変換が材料を失いまたは濃縮
#### 対照は全連鎖を追う
### 抽出は細胞破壊、分解酵素不活化、回収
#### 収量、純度比、完全性は別物
#### RNAは虚血や取扱中に量が変わる
#### ブランクは汚染、添加分子は回収を監視
#### キットの系統差が生物差に見える

## PCRと定量
### 変性、プライマー結合、伸長の反復
### 終点PCRは試薬飽和後に定量性が低い
### 定量PCRは閾値通過サイクルを使う
#### 効率とベースライン処理の妥当性が前提
### 逆転写は酵素効率とプライミングで変動
### 参照遺伝子は実験下で安定が必要
### デジタルPCRは陽性分割の割合を使う
#### 確率モデルで分子数を推定

## 配列決定
### 合成時解読法はクローン増幅鋳型で読む
### 短いリードは高精度だが反復で曖昧
### 長いリードは構造変異とアイソフォームをまたぐ
### カバレッジは低頻度変異検出を改善
#### 系統的配置・増幅バイアスは直せない
### ライブラリ調製から注釈までの工程
#### 索引誤割当でリードが標本間移動
#### 重複リードは増幅を反映し得る
#### 参照バイアスで新規配列を逃す
#### 影響が大きければ直交法で確認

## 変異の検出と関連研究
### Sanger法は小領域と確認に有用
#### 合意信号は低頻度変異を逃す
### 染色体分析は分裂細胞の大きな異常
### 蛍光インサイチューハイブリダイゼーション
#### 細胞や組織の選択部位
### コピー数法は均衡再構成を示しにくい
### 変異型と問いで方法を選ぶ
### 全ゲノム関連研究は一般変異を検定
#### 連鎖不平衡でマーカーは目印かもしれない
#### 集団構造、血縁、多重検定を制御
#### 微細マッピングで絞り機能実験で検証
### 多遺伝子得点は過少代表集団で低下

## ゲノム編集
### ガイドが切断を指示
#### 修復は小挿入・欠失か供給鋳型組込み
### 塩基・プライム編集は二本鎖切断なし
### 標的外、モザイク、大再構成、p53選択を測る
### 救済実験や独立ガイドで標的機能を確認

## 転写物、蛋白、代謝物
### 計数は転写物長、深度、配置に依存
### バルクの変化は細胞内変化か混合比変化か
### 転写物量は蛋白量や活性と直結しない
#### 翻訳、分解、リン酸化などが介在
### プロテオーム法はペプチドへ消化し質量分析
#### アイソフォームには識別ペプチドが必要
### 代謝物は食事、日内相、取扱で急変
#### 非標的法では多くが未同定
#### 正確質量、保持、断片化、真正標準で同定

## エピゲノムと単一細胞
### 亜硫酸法は化学変換で修飾シトシンを区別
### クロマチン免疫沈降は抗体特異性に依存
### 接近性測定は開いたクロマチンへ入る酵素
### 単一細胞はバーコードで疎に標本化
#### 捕捉、解離、生存性が出現細胞を偏らせる
#### 周囲RNA、二重体、ドロップアウト
#### クラスターは解析選択由来で検証が必要

## 空間的方法とマルチオミクス
### 空間的方法は位置を保つ
#### 分解能、感度、区画化が交換関係
#### デコンボリューションは参照とモデル依存
#### 空間近接は通信の証明でない
### マルチオミクスは次元と欠測を増やす
#### 相関特徴で多くの同等モデルが適合
### 経路濃縮は仮説生成
#### 同データで選び検定すると循環解析

## バッチ効果と計算パイプライン
### 採取日、ロット、装置、操作者の系統差
### 疾患群と重なるバッチは補正できない
### 無作為配置と橋渡し対照で予防
### 補正は真の生物を除き類似を作り得る
### パイプラインは測定装置の一部
#### 版、参照ゲノム、乱数種が出力を変える
### 品質閾値を事前規定し原入力から再構築

## データから因果推論へ
### ボトルネックは因果解釈へ移る
### 分子署名は機序なしに分類し得る
### 濃縮経路は細胞組成やストレスを反映
### 発見、検証、局在、摂動、表現型への結合
### オミクスは対照と反復の必要を廃止しない