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module: 102-01
language: ja
chapter: 102
title: "実験生物医学的方法、測定、オミクス、再現性"
module_title: "顕微鏡、培養、分離、定量測定"
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# 顕微鏡、培養、分離、定量測定

## 観察への変換としての方法
### 標本化、調製、測定、解釈
### 各方法は原理と処理が保存するものを見る
#### 画像や数値は装置とモデルの出力
### 何をどの材料からどの分解能で測るか
#### 検出限界、対照、同じ信号を作る別過程

## 光学顕微鏡とコントラスト
### 分解能は波長と開口数に依存
#### 空倍率はぼけを拡大するだけ
### 吸収、位相、偏光、蛍光によるコントラスト
### 固定と染色は収縮、変形、移動を起こす
### 位相差と微分干渉で無染色生細胞を観察
### 蛍光法は励起し長波長の放出を検出
#### フィルターが励起と放出を分ける
#### 自家蛍光とスペクトル重複が背景を作る
#### 退色と生細胞傷害、露光条件を揃える

## 免疫蛍光法と特異性
### 直接法は一次抗体に蛍光体
### 間接法は標識二次抗体で信号増幅
### 製造者表示だけでは特異性に不足
#### 陽性対照は染色系が働くと示す
#### 陰性対照は非特異・背景信号を示す
#### 直交検証は別試薬や方法で試す
#### 標的遺伝子除去が特に有用

## 共焦点、超解像、電子顕微鏡
### 共焦点はピンホールで焦点外光を除く
### 多光子励起は低エネルギー光子で深部撮像
### 超解像法は通常の回折限界を越える
#### 構造化照明、蛍光体切替、位置推定
#### 標識密度、動き、光子数、アルゴリズム依存
#### ナノ構造には方法特異的対照
### 電子線は有効波長が短い
#### 透過型は超薄切片の超微細構造
#### 走査型は表面の地形的外観
#### 真空と処理で生体観察不能
#### 低温法は含水材料を自然に近く保つ

## 細胞培養と微生物培養
### 初代細胞は組織特性を保つが寿命制限
### 不死化株はドリフト、適応、誤同定
#### 認証、継代記録、マイコプラズマ検査
### 培地、酸素、硬度、構築が表現型を左右
#### 通常大気酸素は高酸素となり得る
#### 二次元単層は極性と力学信号を変える
#### オルガノイドや臓器チップも個体ではない
### 微生物培養は生きた微生物と適切条件を要する
#### 選択培地、鑑別培地、増菌
#### 陽性は感染、定着、汚染のいずれか
#### 陰性は低菌量、誤部位、抗菌薬、輸送遅延

## 物理的分離
### 遠心分離は沈降で成分を分ける
#### 沈殿は濃縮画分で純粋ではない
### クロマトグラフィーは二相への分配
#### 細孔、電荷、選択結合、疎水相互作用
#### 保持時間は校正条件下でのみ同定を助ける
#### 共溶出とマトリックス効果が誤ピークを作る
### 電気泳動は電場で荷電分子を移動
#### ネイティブ法は電荷、大きさ、形が混在
#### バンドは単一分子種とは限らない

## ウェスタンブロットと光学測定
### 概算分子量と量を示す
#### 転写効率、エピトープ、飽和が影響
#### 処置で変わるハウスキーピングは不適
#### 総蛋白正規化、切り抜きにも文脈を残す
### Beer-Lambert関係は線形範囲で成立
#### 濁りと散乱が単純吸収仮定を破る
### 蛍光測定は高感度だが消光と退色

## 免疫測定とフローサイトメトリー
### サンドイッチ法は二抗体間に捕捉
### 競合法は標識結合低下から推定
### 異好抗体、高用量フック、交差反応、ロット差
#### 希釈確認と添加回収試験で露出
### 各事象の散乱と蛍光を記録
#### 散乱は大きさと複雑性の概略のみ
#### 補償は検出器間のスペクトル漏れを修正
#### ゲーティングは主観的、対照で支える
#### 稀事象には十分な数と残骸除外

## 質量分析
### イオン化し質量電荷比で分離
### 内部標準でイオン抑制を補正
### データベース照合と偽発見制御
### 未検出は不在、限界以下、低イオン化、除外

## 測定性能と三角測量
### 技術反復は測定変動を表す
### 生物反復は独立した生物単位を表す
#### 技術ウェル平均で大標本にはならない
### 対照は抽出・調製を含む全過程を試す
### 形態、生化学、摂動で三角測量
#### 独立原理の一致は人工像が揃いにくい
#### 不一致は区画化や誤仮定を示す