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module: 095-03
language: ja
chapter: 95
title: "マイクロバイオーム、微生物生態、進化、宿主・病原体共適応"
module_title: "ディスバイオーシス、微生物代謝物、マイクロバイオーム治療、因果推論"
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# ディスバイオーシスと因果推論

## ディスバイオーシスの意味と限界
### 疾患に関連する群集変化を指す
### 普遍的な分類学的定義はない
### 機能喪失や有害活動の増加
### 疾患、食事、薬剤、通過、炎症が変える
#### 関連を自動的に原因としない

## 標本採取と測定の限界
### 便は採取しやすいが脱落管腔内容
### 時間、保存、酸素、抽出、通過で変わる
### 相対存在量は絶対数不変でも増える

## 配列解析と補完的手法
### 16Sはマーカー領域を増幅する
#### 多くは属か概略種が限界
### メタゲノムは遺伝子と株を区別する
#### 死菌も検出し発現を証明しない
### 培養は生存証明と表現型検査を可能に
### 定量PCRは探した標的のみ高感度
### 絶対定量が組成データの誤解を防ぐ

## 短鎖脂肪酸と胆汁酸
### 嫌気性発酵が短鎖脂肪酸を作る
#### 酪酸は結腸細胞の燃料で免疫も調節
#### 便中濃度は産生から取り込みを引いた値
### 胆汁酸は肝で抱合され微生物が変換
#### 抗菌薬は変換を減らしディフィシルを変える
#### 種類と部位で保護的にも傷害性にも

## 他の代謝物と薬物相互作用
### トリプトファン代謝がインドールを作る
### コリン・カルニチンはTMAからTMAOへ
#### 食事と腎排泄が関連を交絡する
### 蛋白発酵はアンモニア、フェノール、硫化水素
### 交差栄養で廃棄物が別種の基質になる
### 微生物はプロドラッグ活性化と不活化
#### 反応との関連は重症度や食事も反映
#### 機序には経路分離と曝露変化が要る

## 炎症とクロストリディオイデス・ディフィシル
### 炎症は酸素と電子受容体を増やす
#### 通性菌がこの条件を利用して増える
#### 元の原因でなく指標かつ増幅因子
### ディフィシル感染は生態学的因果の例
#### 抗菌薬が定着抵抗性を崩す
#### 芽胞発芽、菌増殖、毒素が結腸を傷害
#### 下痢なしの検出は定着かもしれない

## マイクロバイオーム治療
### 糞便移植は群集機能を回復させる
#### 選択された再発感染に高い効果
#### スクリーニングも未知リスクは消せない
#### この成功は無規制な拡大を正当化しない
### プロバイオティクスは株と宿主に特異的
#### 証拠を別製品へ移せない
### プレバイオティクスは選択的利用基質
#### 繊維は脂肪酸を増やすが膨満も
### 食事は微生物と宿主へ直接作用する
#### 短期的分類変化は転帰ではない
### 精密手段：狭域薬、ファージ、人工細菌
#### ファージ治療は範囲、免疫、製造が課題
#### 生態学的置換が意図せぬニッチを作る

## 研究デザインと因果推論
### 関連研究は薬剤、食事、地理に交絡
#### 回帰でも未測定因子は制御できない
#### 診断前の行動変化が逆因果を生む
### 縦断研究は順序を示すが因果でない
#### 前臨床的生理が早期変化を起こす
### 無作為介入は媒介因子を変えれば強い
#### 食事や抗菌薬は宿主へも作用する
### ノトバイオート動物は可能性を示す
#### 別宿主でドナー群集は変わる
#### 移植は支持でありヒトの証明でない
### メンデルランダム化は雑音と多面発現
### 分類器は治療や地理で予測し得る
### 多菌種疾患にコッホの原則は適しにくい
#### 時間性、用量、実験操作、可逆性を使う
#### 分類が違っても群集機能が原因になる

## バイオマーカー、主張、階層
### バイオマーカーには固定手順と外部検証
#### 標準情報を超える判断改善が必要
#### 性能、比較対象、集団、判定不能を報告
### 個別化の主張は証拠を超えがち
#### 唯一最適な群集は存在しない
#### 相対存在量の推奨は正常を医療化
#### 有用性は病原体検出と選択移植で最強
### 治療は狙う機序を定義する
#### 患者転帰と安全性で判断する
#### 永久定着なしでも持続的利益はあり得る
### 因果の階層：測定、関連、順序、再現
#### 機序を示し操作し転帰を改善する
#### ディスバイオーシスは仮説で診断でない