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module: 095-01
language: ja
chapter: 95
title: "マイクロバイオーム、微生物生態、進化、宿主・病原体共適応"
module_title: "定着、解剖学的ニッチ、群集形成、宿主・マイクロバイオーム生態学"
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# 定着、ニッチ、宿主生態

## 定義と文脈依存性
### マイクロバイオームは群集と遺伝子と産物
### 微生物叢は生物自体
### 常在菌は本来の場所では無害か有益
### 文脈が変われば同じ菌が疾患
#### バリア破壊
#### 免疫変化
#### 無菌区画への移動

## 部位ごとの微生物量と構成
### 皮膚は冷涼、乾燥、酸性、好気性
### 口腔は歯と粘膜に濃密バイオフィルム
### 胃は酸性下で低微生物量
### 結腸は巨大な嫌気性群集
### 健康な下気道は低量で動的

## ニッチ条件と生息地構築
### 酸素、pH、温度、塩分、水、栄養、胆汁
### 微生物は酸素を消費しpHを変える
#### 群集が生息地の一部を構築

## 初期定着、遷移、低微生物量の注意
### 出生前後に始まり一度の出来事でない
### 分娩様式、在胎週数、栄養、抗菌薬
### 母体微生物は唯一の供給源でない
### 初期は不安定、数年で部位特異的

### 胎盤マイクロバイオーム説には論争
### 低量標本は試薬・環境汚染を受ける
### DNA検出は生きた定着を証明しない
### 陰性対照、培養、顕微鏡、局在、妥当性

## 群集形成と多様性指標
### 分散が生物を導入
### 選択がニッチに合う形質を優遇
### 浮動が低頻度集団を無作為に変える
### 突然変異と遺伝子伝播が変異を生む
### 優先効果で初期定着者が後続を変える
### 異なる分類群が重なる機能を果たす

### アルファ多様性は豊富さと均等性
### ベータ多様性は標本間の差
### 高多様性が常に健康とは限らない
#### 膣は乳酸桿菌優位の低多様性が健康的
### 指標と読取り深度が結論を変える

## 空間構造と定着抵抗性
### 粘液が管腔群集を上皮から隔てる
#### 内側粘液は細菌侵入に抵抗
### 分泌IgAは炎症なしに排除・保持・選別
### ペプチド、酸素消費、免疫細胞が構造維持
#### 隔離喪失は新病原体なしでも炎症
### 定着抵抗性が侵入生物を制限
#### 栄養競争と付着部位占有
#### バクテリオシン、酸性代謝物、胆汁酸変換
#### 抗菌薬でディフィシルや耐性菌が増殖

## 関係性、パソビオント、解釈
### 片利・相利・寄生は文脈で変わる
### 黄色ブドウ球菌は鼻定着から侵襲性へ
### 病原性は固定的性質でなく相互作用
### パソビオントは条件変化で疾患へ寄与
### 日和見感染は防御異常を要する
### 非無菌部位の培養陽性は保菌かも

## 部位別生態：口腔、皮膚、膣
### 歯垢はペリクル、初期付着、共凝集
#### 頻回の糖が耐酸性・脱灰群集を選ぶ
### 歯周病は異常バイオフィルムと組織破壊
### 皮膚は脂性、湿潤、乾燥、毛包で異なる
#### アトピーはバリア、2型、ブドウ球菌
### 膣生態はエストロゲン、グリコーゲン、乳酸
#### 細菌性膣症は多菌種で代謝物変化
#### 正常な多様性を疾患としない

## 宿主にとっての微生物機能
### 短鎖脂肪酸、ガス、菌体への発酵
### 胆汁酸、アミノ酸、ポリフェノール、薬物変換
### 機能は基質と株で異なる
### 免疫発生：無菌動物の外挿は慎重に
### 腸脳伝達は迷走、免疫、内分泌、トリプトファン
#### ヒトでの因果証拠は限定的
### ウイロームのファージは競争を変える

## バイオフィルム、曝露、レジリエンス
### バイオフィルムは基質内の付着群集
#### 耐容は遺伝性耐性と異なる
### 食事は活動を急速、構成を緩徐に変える
#### 食物繊維は糖質発酵を支える
### 抗菌薬以外の薬も微生物叢を変える
#### 微生物が薬を活性化・不活化
### 加齢と疾患が食事、通過、免疫、薬を変える
#### シグネチャーは原因にも結果にもなる
### レジリエンスは機能回復、抵抗性は不変性
#### 分類が戻らずとも機能は戻り得る
#### 反復する撹乱が別の安定状態へ押す
#### 治療後一標本では回復を証明できない
### 健康とは適合的で回復力ある構成