---
module: 092-03
language: ja
chapter: 92
title: "染色体、ヒト変異、集団遺伝学、ゲノム解析法"
module_title: "細胞遺伝学、配列解析、ゲノム手法、変異解釈、臨床的限界"
source_sha256: aaa67ea41c88372271b0fe7408d72070650ac850cb5058230b523b19fe612ef9
---
# ゲノム手法、変異解釈、臨床的限界

## 検査の選択
### ゲノム検査は一つの技術でない
### 各手法に見えない領域がある
### 表現型と推定機序から選ぶ
### 品質、頻度、機能、文脈を統合

## 細胞遺伝学的手法
### 核型は異数性と大構造再構成
#### 均衡転座・逆位を検出
#### 小コピー変化や塩基変異は見えない
#### 培養で一部細胞集団が失われる
### FISHは標識プローブで特定領域
#### ブレークアパートは分断、融合は隣接化
#### 正常でも他の異常は除外できない
### マイクロアレイは全ゲノムのコピー数
#### 顕微鏡以下の欠失・重複
#### 長いホモ接合領域
#### 均衡再構成、反復伸長、小変異は不可

## アレイとPCR
### 一塩基多型アレイは既定マーカーを測る
#### インピュテーションは連鎖不平衡と祖先依存
#### 希少・構造変異の予測は不正確
### PCRは選択領域を増幅
#### 定量、逆転写、デジタルPCR
#### アレル脱落、汚染、結合部位下の変異

## 配列解析技術
### サンガー法は標的断片を高精度に読む
#### 変異確認と家族内既知部位
#### コピー数変化、低比率モザイクを見逃す
### 短鎖リード法は数百万分子を読む
#### パネル、エクソーム、全ゲノム
#### 整列、コール、絞込み、注釈、確認
### カバレッジは均一でない
#### 反復、偽遺伝子、高GCは難しい
#### 平均深度は全塩基被覆を保証しない
#### 難しい所見は別法で確認
### 短鎖は位相決定と長反復に弱い
### 長鎖は大構造、反復、ハプロタイプ
### 単独で全てを網羅する装置はない

## RNAとメチル化
### RNA配列解析は発現、スプライシング、融合
#### 採取組織の発現と安定性に依存
#### ナンセンス変異依存分解が異常RNAを消す
#### DNA解析を補うが置換しない
### メチル化はインプリンティング、エピシグネチャー
#### 亜硫酸処理は間接識別でDNA損傷
#### 組織、年齢、細胞構成で異なる

## 命名と分類
### 参照、座標、配列、蛋白変化を明記
#### 転写産物でエクソン番号や効果が異なる
### 生殖細胞系列変異の五分類
#### 疾患関連の証拠で発症の確実性でない
### 機能喪失予測は疾患機序の確立が前提
#### 末端近くの終止、エクソン除外、読み枠保持
#### 遺伝子が半量不全に耐える
### ミスセンス予測は補助証拠
### 共分離は証拠を強める
#### 無症状者は関連を弱めるが否定しない
### 母性・父性確認済みの新生変異は強い

## 不確実な結果と体細胞検査
### 意義不明変異で不可逆な判断をしない
#### 証拠の追加で再分類され得る
#### 患者には再検討計画が必要
### 陰性でも遺伝病を除外しない
### 変異アレル比率は腫瘍純度やクローン性
### 腫瘍変異が生殖細胞系列素因を示す
### クローン性造血が所見を模倣

## 生殖・集団検査
### 無細胞DNAはスクリーニングで診断でない
#### 胎盤モザイク、消失双胎、胎児分画低値
#### 陽性的中率は事前確率に依存
### 新生児スクリーニングは治療可能疾患
#### 陽性なら確認を要する
### 着床前検査は栄養外胚葉細胞を採取
#### 絶対保証ではない

## 妥当性、公平性、反復的解釈
### 二次的所見は親族にも影響
### 分析的・臨床的妥当性と有用性は別
### 過少代表集団で意義不明結果が増える
### 人種を遺伝型の近道にしない
### 陰性は現在の検査と知識の情報