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module: 092-02
language: ja
chapter: 92
title: "染色体、ヒト変異、集団遺伝学、ゲノム解析法"
module_title: "ヒトの変異、浸透率、複雑形質、集団遺伝学、関連解析"
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# ヒト変異、集団遺伝学、関連解析

## 変異の種類と頻度
### 数百万の変異、大半は中立か小効果
### 祖先と人種、確率と運命を区別
### 一塩基、挿入・欠失、コピー数、構造変異
### 短い縦列反復は不安定に伸長し得る
### 頻度は人でなく染色体の割合
### 希少は病原性、頻繁は無害とは限らない
#### 劣性・遅発性アレルは相当頻度に達し得る

## 突然変異、浮動、選択
### 変異率は塩基文脈や親年齢で異なる
#### CpGシトシンは脱アミノ化後に変異
#### 無血縁家系に反復性突然変異
### 遺伝的浮動は小集団ほど強い
#### 創始者効果とボトルネックで希少アレル増
#### 創始者変異検査は広い解析の代用不可
### 負の選択は有害アレルを除く
### 平衡選択は多様性を保つ
#### 鎌状ヘテロ接合でマラリア重症化減少

## 祖先、人種、遺伝子流動
### 移住がアレルを集団間で移す
### 変異は共有、離散した生物学的人種なし
### 遺伝的祖先は統計的類似性
### 人種は経験を捉え遺伝型の代用でない

## ハーディー・ワインベルグ平衡
### 無作為交配、大集団、選択等なし
### p二乗、2pq、q二乗
### 帰無モデルであり現実の主張でない
### 逸脱は集団構造、近親交配、選択、誤り
### 保因者頻度はアレル頻度の約二倍
#### 創始者構造や同類交配で破綻
#### 実測集団データを用いる

## 連鎖と連鎖不平衡
### 近い遺伝子座は一緒に伝わる
### 組換え率は二分の一を超えない
### センチモルガンは塩基対距離と異なる
#### 性や領域で変わる
### ホットスポットがハプロタイプブロック形成
### 連鎖不平衡は非無作為なアレル関連
#### マーカーが未測定原因変異をタグ付け
#### 強さと向きは祖先集団で異なる
#### ファインマッピングで原因候補集合を絞る

## 遺伝率と複雑形質
### 遺伝率は特定集団・環境の分散割合
#### 個人の形質の遺伝割合でない
#### 高遺伝率でもフェニルケトン尿症は食事療法
### 広義は全遺伝分散、狭義は相加効果
### 双生児・家族研究は仮定に依存
### 一般的変異は小効果、希少変異は大効果
### 二値疾患の負荷閾値モデル
### 家族集積はメンデル遺伝とは限らない
### 相互作用は統計尺度に依存
### 遺伝子・環境相関は相互作用を模倣

## ゲノムワイド関連解析
### 標本と遺伝型の品質管理
### 多重検定に厳しい有意水準
### 関連だけでは機序を証明しない
### 集団層別化が関連を交絡
#### 主成分と混合モデルは軽減のみ
#### 多様な参加者が移植可能性を改善
### オッズ比は絶対リスクでない
#### 結果が一般的ならリスク比を誇張
### 勝者の呪いで発見時効果が過大

## スコア、操作変数、希少変異
### ポリジェニックスコアは重み付き合計
#### 集団内の相対リスク層別化
#### 高値は診断でなく低値は除外でない
### メンデルランダム化は変異を操作変数に
#### 多面発現や集団構造が仮定を破る
### 希少変異は遺伝子・領域単位で集約
#### 負荷検定は同方向、カーネル法は混在

## 偏りと解釈の限界
### 罹患家系の浸透率は症例選択で過大
### バイオバンクは重症小児疾患を過少代表
### 参加の選択でコライダーバイアス
### 診療録は記録なしを疾患なしと誤分類
### 大標本は系統誤差を修復しない
### データベース不在は希少性のみ支持
### 分子的帰結、確率、集団分布の三層